La ruta provincial Nº 83 posee un tramo de 23 Km. que pasa por el Area Protegida, permitiendo ver los cambios que se dan en la vegetación a medida que se asciende.
Sendas peatonales y picadas de distinta longitud y grado de dificultad hacen a este Parque Nacional muy apto para que los amantes de la naturaleza realicen diversas caminatas y paseos.

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Sendero Intercultural Guaraní "Nuestra Selva": Adyacente al Camping Aguas Negras, recorre la Selva Pedemontana en un tramo de 600 metros, a través del cual, guías Guaraníes cuentan su historia y los rasgos más importantes de su cultura,. Al final del mismo, se halla la Tenta o Casa Guaraní.

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Sendero La Herradura: Parte a 100 metros de la Seccional de Aguas Negras, sobre la mano derecha de la ruta. Recorre un tramo de selva Pedemontana. Presenta dificultad baja. y es especialmente recomendado para grupos escolares y personas de cualquier edad con capacidades diferentes.

Sendero La Herradura

Sendero La Herradura

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Mirador del Río San Lorenzo: a poca distancia de la Seccional de Aguas Negras sobre mano izquierda de la Ruta Provincial Nº 83, allí hay mesas y bancos, no se permite acampar. Se puede observar una hermosa vista del valle del río San Lorenzo, es una excelente oportunidad para sacar fotografías.

Mirador río San Lorenzo

Vista del Río San Lorenzo desde el mirador del Parque

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Sendero a la Lagunita: Parte a 2 km de la Seccional de Aguas Negras, a mano derecha de la ruta. Recorre un hermoso tramo de transición entre selva pedemontana y montana hasta una pequeña laguna.
Es aconcejable utilizar un buen calzado, ya que tiene una pendiente muy pronunciada y hay que hacer pie firme al bajar, esta la alternativa de regresar por el arroyo de Aguas Negras.
La dificultad que presenta es media, es aconcejable si realizan la vuelta por el mismo sendero, tomar precaución de no resbalar en la zonas humedas porque es todo ascenso.

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Sendero Tataupá: Parte a 2,5 km de la Seccional de Aguas Negras, de la mano izquierda de la ruta. Recorre la Selva Pedemontana y se regresa por el cauce del Arroyo Negrito. Presenta dificultad alta. Se recomienda especialmente realizarlo acompañado de Guías habilitados por el Parque (Solicite informes en la seccional o la Intendencia del Parque)

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Sendero de la Junta: Parte a 3 km de la Seccional de Aguas Negras, sobre la mano derecha de la ruta. Desde un pequeño mirador, se puede observar la unión de los arroyos de Aguas negras y Toldos, regresando por el Arroyo Aguas Negras hasta la seccional de Guardaparques. La dificultad que presenta es alta.

Inicio bicisenda.

Sendero La Junta

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Sendero Las Pircas: Comienza a 100 metros de la Seccional Mesada de las Colmenas. Subiendo por la ruta a mano izquierda, recorre Selva Montana llegando al Arroyo Negrito. El regreso se realiza por el mismo camino. Presenta dificultad alta y se recomienda especialmente realizarlo acompañado de Guías habilitados por el Parque. (Solicite informes en la Seccional o la Intendencia del Parque)

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Bicisenda El Tapir: Se inicia en el mismo punto que el Sendero La Junta, y a 200 m se aparta, por una senda especialmente pensada para el disfrute de los amantes del ciclismo de aventura. Regresa por el cauce del Aº Aguas Negras.

PREVIO A SU INGRESO A LA BICISENDA, ES OBLIGATORIO LLENAR UN FORMULARIO DE REGISTRO EN LA SECCIONAL DE GUARDAPARQUES .

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Sendero EL Pedemontano: Recorre en aproximadamente una hora un sendero de baja dificultad con una forestación muy variada, comienza frente al mirador del Río San Lorenzo y finaliza frente al sendero Tataupá.

Entrada al Sendero frente al Mirador del río

Sendero Pedemontano

Sendero Pedemontano

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CICLOTURISMO: el parque cuenta con un servicio de excursiones guiadas en bicicleta, que realizan distintos recorridos por senderos del parque. Para contratar el servicio, comuníquese con la Intendencia del Parque.

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Es posible realizar una travesía de varios días comenzando en el Parque Nacional Calilegua para llegar a la Quebrada de Humahuaca, Luego de abandonar los límites del Parque, se llega por ruta provincial Nº 83, a la localidad de San Francisco, desde allí se continúa a pie o a caballo hasta Tilcara o Humahuaca, en la Quebrada homónima, aunque lo aconcejable es realizar la travesía desde la cuidad de Humahuaca o Tilcara al solo efecto de hacer mas placentero el viaje ya que desde allí se realiza en bajada

También se puede realizar una cabalgata desde San Francisco hasta el pueblo de Alto Calilegua situado a 2700 Mts. de altura, el grado de dificultad es alto y en algunos pasos muy alto.
Para el recorrido a caballo hasta el Alto Calilegua el tiempo aproximado es de 6 horas para el ascenso y de 4.30 horas para el descenso, se puede realizar a pie con un promedio de tiempo entre 8 a 10 horas.
Para realizar este tipo de recorrida deberá recurrir a agencias de viajes especilizadas. En San Francisco puede contactarse con la Flia. Cruz, conocedores de la zona y a quien le pueden alquilar caballos para la travesía.